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우리 지역은 비룡동, 세천동, 삼정동의 선사유적지 발굴에서도 알 수 있듯이 선사시대인 청동기시대에도 사람이 살고 있었음을 알 수 있다. 유물이나 유적이 구석기시대의 것인지 신석시시대의 것인지 확인되지 않아 단정할 수는 없지만 주변지역인 구즉동, 둔산동, 구성동 등 주변지역에서 구석기시대 및 신석기시대의 유물들이 발견됨에 따라 청동기시대 이전에도 사람이 살고 있었을 것이라 추측된다.

동구지역은 삼국시대에는 백제 우술군, 통일신라 시대에는 비풍군이었다가, 고려시대에는 공주목의 일부인 회덕군에 속해 있었다. 그러다가 조선시대 태종 13년(1413년)에 지방제도의 전면적인 개혁이 단행되어 대전지역은 회덕현, 진잠현과 공무목의 일부에 해당되는데, 특히 동구지역은 공주목 관할의 산내 부근과 청무목 관할의 세천 부근을 제외한 대부분이 회덕현에 해당되었다.

1910년 이후 1914년 3월 1일 조선총독부에 의해 우리나라 최대의 지방행정구역 개편이 있었는데, 이 때 종래의 회덕군, 진잠군, 공주군 일부를 합쳐 대전군이 신설되었다. 이 대전군의 관할 속에 지금의 동구지역인 대전면이 종래의 회덕군 외남면의 중심지역인 현재의 인동·원동·중동·정동·삼성동 지역을 중심으로 설정되었다. 이 때 설치된 대전군 대전면 지역이 현 대전시의 모체가 된 것이다.
또한, 1931년 4월 1일에는 대전면이 대전읍으로 승격되고 그해 6월에 대전읍사무소를 현재의 원동에 있던 군청자리로 이전하였으며, 1940년 11월 1일 대전부 구역확장에 따라 대덕군 외남면의 용운동·자양동·가양동·성남동·홍도동 지역이 편입되어 32개 동으로 늘어았다.

이처럼 지역이 확장에 따라 1971년 7월 1일에 동부출장소를 비롯한 4개출장소를 설치하고, 1977년 9월 1일 대전천을 경계로 동쪽에 동구를 서쪽에 중구를 설치하기에 이르렀다. 또한 1983년 2월에는 대덕군 회덕면 전역을 동구에 편입시키고, 1989년 1월 1일에 직할시로 승격되면서 동구는 종전의 대덕군 동면일원과 산내면의 낭월·대별·이사·대성·장척·소호·구도·삼괴·상소·하소리를 편입하였고, 동구의 오정·대화·읍내·신대·와동·송촌·법동·중리·비래동을 대덕구에 편입시키면서 행정동 24개동과 법정동 45개동으로 자치구로 승격되었다.